1. ledna 2008 zanikla platnost povolení k vypouštění odpadních vod do vod povrchových nebo podzemních, která byla vydána a nabyla právní moci do 31. prosince 2001. Do konce června 2007 měli majitelé septiků možnost prodloužit si tato povolení, případně po tomto datu požádat o vydání povolení nového.
Zpravidla se ale stává, že povolení k vypouštění odpadní vody ze septiku do jakéhokoliv zdroje povrchové nebo podzemní vody žádný vodoprávní úřad nevystaví. Pro majitele septiků to ale zákonitě neznamená, že by museli instalovat moderní domovní čistírnu odpadních vod. Často lze situaci řešit zmodernizováním stávajícího septiku o pískový, případně štěrkový zemní filtr nebo jiný biologický způsob čištění.
Další a nejjednodušší variantou je zaslepit otvor odtoku a udělat tak ze septiku žumpu. Žumpa není vodním dílem, prototo nepodléhá pravomoci vodoprávního úřadu. Je nutné ale uchovávat doklady o vyvážení žumpy pro případnou kontrolu.
Poslední možností je vybudování, již zmíněné, domovní čistírny odpadních vod.
Majitelé septiků a domovních ČOV jsou povinni odebírat vzorky vypouštěné vody do půdy, příp. řeky nebo potoka v četnosti, jakou určil úřad v povolení. Dále je nutné jednou ročně (do 31.1. následujícího roku) poslat zprávu o vyhodnocení výsledků rozboru vypouštěné vody příslušnému vodoprávnímu úřadu. V podstatě se jedná o porovnání výsledků vašich rozborů s limity, které určili vodoprávní úřad v povolení. V případě vypouštění do vodoteče je nutné také měřit množství vypouštěné vody.